В W3C-совместимых браузерах прозрачность элементов контроллируется свойством CSS opacity, а для Internet Explorer прозрачность устанавливается при помощи Alpha фильтра. Чтобы унифицировать установку значений прозрачности можно использовать следующую функцию:

function setOpacity( elem, level ) {
	if ( elem.filters )
		elem.style.filter = "progid:DXImageTransform.Microsoft.Alpha(opacity="+level+")";
	else
		elem.style.opacity = level / 100;
}

Функция принимает два параметра: elem - элемент, прозрачность которого необходимо изменить, и level - уровень прозрачности в процентах.